В настоящие дни на игрока, играющего на распространяемой «Абстерго» консоли Helix и исследующего воспоминания о гибели ордена Тамплиеров в 1314 году, выходят ассасины и просят найти Мудреца в памяти, относящейся к годам Великой Французской революции. Сюжет разворачивается вокруг молодого ассасина Арно Виктора Дориана.